现进行优惠促销,欢迎来电洽谈。免费赠送3个读码框处理,以确保蛋白可以正常表达。
可以选择增加提供转化到酵母的文库,可以提供足够100次筛选的酵母转化菌液文库,同时还会提供质粒文库。
可选均一化处理,可以有效提高低丰度基因筛选检出率。
服务时间:25个工作日内
服务报价:
文库构建(不同技术方法) | 报价 |
Clonetech-SMART技术方法 | 询价 |
Invitrogen-Gateway技术方法 | 询价 |
All-Direct技术方法 | 询价 |
我们拥有多年的文库构建经验,已完成数千个各类文库构建,我们构建文库的成功率为98%以上。
一、产品介绍::
我们可以提供基于invitrogen的gateway方法的文库构建系统,该系统具有以下优点:
1)我们从mRNA为模板直接进行cDNA双链的合成,没有经过任何扩增的过程,保证了文库的质量和忠实性.
2)使用目前市场上高质量的反转录酶,保证文库的片段长度和全长率,普通文库的全长率会在50%以上。
3)使用gateway高效率的片段和载体重组连接方法,连接效率很高,可以大大提高原始文库的库容量(可以达到1*10^7 CFU 以上的原始文库库容量)。
4)该系统的文库会有初级文库提供,初级文库的载体为pDONR221,可以方便地将该样本的文库再构建到其他任意载体上,形成其他用途的文库,比如:pPR3-N、PET22b、PET19b、pYD1、pPRC9K、pLenti6.3、pET32b、pDest52、pDEST17等任意载体。
但该方法相对于我们的All-Direct系统也有一些缺点:
1.由于Gateway系统的重组臂是变化的,而且attL重组臂里带有终止密码子,且这个重组臂有100多个碱基,很长,为了减少重组臂对蛋白表达的影响,不得不经过2次重组,以让最终文库的载体里不会带有attL重组臂,但还是会引入一个20多个碱基的attB重组臂,对表达或多或少还是有一点影响。
2.由于必须经过2步重组,就需要进行初级文库的转化,摇菌扩增,质粒提取过程,而摇菌过程类似于PCR扩增的过程,是一个快速扩增的过程,这个过程中会存在基因之间的竞争性抑制效应,会造成高丰度的基因占的比例越来越多,低丰度的比例越来越少甚至丢失,而很多公司采用液体培养的方式,更加大大的增加了这个丢失效应,据我们的多年经验数据,每经过一次扩增和质粒提取过程,高丰度的基因与低丰度的基因拷贝数差异会扩大20倍以上,文库的平均插入片段会降低200bp左右。如果之前有做均一化处理,这一步的扩增,就基本会抵消均一化的作用。我们公司降低消除摇菌扩增的影响,做了一些技术上的改进,但还是会有一些影响的。
我们公司有另外一套All-direct系统的文库构建,相对于gateway方法,优点是避免了一次初级库的构建和菌液扩增以及质粒提取步骤,可以避免gateway方法的一些缺点,且重组效率等指标与gateway方法一致。缺点是,infusion方法不太适合一个样本一次的RNA分离和cDNA合成,同时构建到3个以上的载体上,可以一次同时构建到1-3个载体,形成1-3个文库,对于绝大多数情况,并不需要将一个样本构建到多个文库载体上,这个足够满足需要了。
二、实验步骤
2.1.RNA提取
2.2.mRNA分离
2.3.cDNA合成(使用酶促法直接合成,不经过PCR扩增过程,比SMART方法质量大大提高)
2.4.cDNA长度分级(和均一化处理)
2.5.分级后的cDNA与pDONR221载体进行gateway BP重组,形成初级文库。
2.6 初级文库的电转化和涂板培养。
2.7 初级文库检测。
2.8 初级文库铺板扩增和质粒提取。
2.9 初级文库质粒与酵母文库载体pGADT7(pGADT7-Rec2)进行gateway LR重组,形成次级文库。
2.10 次级文库的电转化和涂板培养。
2.11 次级文库检测。
2.12 次级文库铺板扩增和质粒提取。
2.13 包装和发货
三、产品内容
1)初级文库的甘油菌液(含20%甘油的LB培养基)
2)酵母文库的甘油菌液(含20%甘油的LB培养基)
3)初级文库质粒
4)酵母文库质粒,
5)随机克隆子的PCR鉴定图谱
6)文库构建报告。
四、质量标准 (初级文库和次级文库指标相同)
3.1 文库库容量:大于1*10^7CFU。
3.2 平均插入片段:大于0.8-1Kbp。
3.3 阳性率:大于95%。
五、服务时间
25个工作日内
如需转化酵母延长15个工作日。
六、材料要求:
客户构建指定的酵母双杂交cDNA文库,由客户提供组织、细胞或总RNA给我们即可:
细胞样本:细胞数量大于1*10^7
动物样本:大于1g
植物样本:大于2g
总RNA:大于500ug
七、客户案例:
目前我们已经成功完成数千个不同样本的文库构建,主要客户为中国科学院上海植物生理生态研究所、上海交通大学、浙江大学、浙江省农科院、山东省农科院等多家单位完成酵母双(单)杂交文库构建服务,物种包括人、小鼠、大鼠、水稻、拟南芥、牡丹、稻飞虱、苹果、油菜、小麦、贝壳、葡萄、真菌等。
八、文库筛选:
我们是国内极少数能同时提供文库构建和文库筛选的公司,对于酵母双杂交筛选服务,您只需要提供诱饵基因序列即可,我们会进行以下工作,筛选的报价为3万元整:
1.诱饵载体的测序验证以及构建到双杂交筛选载体上
2.诱饵基因的自激活检测,检测通过后继续下一步实验。
3.诱饵质粒转化酵母细胞,验证合格后再转化文库质粒
4.酵母筛选和3AT条件优化
5.筛选结果的测序
6.筛选结果的回转验证
7.筛选结果递交:包括筛选报告,筛选结果的测序结果和blast结果,筛选结果克隆的质粒实物。
九、FAQ:
9.1. 如何选择合适的文库构建方法进行建库?
我们是市场上可以同时提供3种文库构建方法的公司,这也足以看出我们公司的技术实力。
3种方法的比较如下:
1) Clonetech 的SMART方法,该方法基本是被淘汰的,我们上文有详细的技术比较,其好处就是RNA的起始量可以很小,一般只需要几ug即可,该方法成本很低,一般不建议选择。
2) Invitrogen的方法,该方法质量上较SMART方法要好很多,其对试剂的质量要求也很高,需要全部使用invitrogen的原厂试剂。我们全部使用invitrogen公司试剂进行构建,且做了一些技术改进,提高了文库质量。该方法对起始的RNA要求较高,建议起始用量是大于200ug。但该方法有一个严重的缺点,就是需要进行两次重组才能得到酵母文库,而多一次重组就会多一次文库扩增过程,会严重影响文库质量。在上文中有详细的技术比较和介绍。
别的使用该方法建库的公司,只能使用商业化的试剂盒构建文库,没有做任何改进。且由于进货渠道的原因,试剂盒内的有些试剂他们是买不到的,质量就会大打折扣。比如DH10B 电转化感受态细胞,这个感受态细胞转化效率比国产的高出100倍以上。这个感受态细胞需要具有一堆的海关批文才能买到,其他公司由于没有相关资质,是无法进口的,据我们了解,国内某公司居然会用化学转化细胞代替电转化,质量影响巨大。
3) All-Direct方法,这个是我们的改进方法,是在invitrogen方法上做了重要改进,保留了其优点(不用PCR扩增,文库保真度高),去除了其需要经过两次重组的缺点,大大提高文库质量。平均长度较invitrogen方法可以提高200bp,库容量可以提高10倍以上。该方法对RNA的要求量和invitrogen方法一样。
9.2. 宝吉生物提供的酵母双杂文库有哪些产品内容?
我们提供的文库产品,包含了文库质粒(大于500ug)以及大肠杆菌文库甘油菌。同时可以选择提供转化到酵母细胞的文库甘油菌,我们会提供100只转化到酵母细胞的文库甘油菌,可以做100次的文库筛选。
其中文库质粒可以使用共转的方法进行文库筛选,酵母细胞文库甘油菌可以使用maiting的方法进行文库筛选,根据老师的实验习惯可以自由选择,结果没有任何差异的。
9.3. 如何检测文库质量?
对于文库的质量,一个简单的金标准就是,样本内的所有基因都在文库里,且基因要有一半以上的全长基因,这个文库就是合格的。
对于文库的检测,可以针对我们交付的产品,做以下几个方面的检测:
根据老师的样本信息,选择3-5个低拷贝的基因,设计合成引物,以我们提供的文库质粒为模板,进行PCR扩增,如果低拷贝的基因都能扩增出来,高拷贝的就不会丢失,文库质量即可以判断为合格。
对于我们提供的大肠杆菌文库甘油菌,可以进行梯度稀释后铺板培养,第二天计算库容量,同时挑取单克隆进行PCR扩增和测序检测,以判断插入片段长度和空载率。
9.4. 如何评价文库质量?
文库质量的关键指标,主要是文库库容、空载率及插入片段平均长度。
文库的原始库容肯定是越高越好,我们公司承诺的是大于1*10^7的库容量,这个是原始库容量,也就是没有经过任何扩增过程,直接转化出来的库容量。比其他公司承诺的1*10^6的库容量要高10倍以上,下面详细解释下库容量的高低对文库质量的影响:
生物样本,除了低等生物,目前研究比较多的物种,比如人,大鼠,小鼠,其基因数在5*10^4左右,文库至少得100倍覆盖,也就是库容至少需要5*10^6以上。
对于植物样本,其基因数量比人的大很多,比如水稻样本,其基因数量为人的2-3倍,小麦样本,其基因数量为人的5-6倍,这样就需要更多的文库库容量。对于水稻样本,需要覆盖100倍的基因数,要求的文库原始库容量是大于1*10^7以上。市场上别的公司提供的文库只能覆盖10倍左右,这么低的覆盖度,必然造成大量基因的丢失。
对于有的公司宣传的,库容量不是越高越好,这是不负责任的忽悠,为自己的文库质量不合格找不合理的借口。
对于插入基因长度,别的公司一般平均长度就在800bp左右,我们公司可以承诺做到1200bp以上,这个差距是巨大的,下面再详细介绍下插入片段长度对文库质量的影响:
一般的一个功能基因,其一般长度会在200个氨基酸以上,也就是编码区在600bp碱基以上,装入文库的基因,除了编码区,还会有5’UTR区,3‘UTR区以及polyA区域,这几个部分加起来,基因的长度一般至少会在1000bp以上。由于文库是个混合物,会存在竞争性抑制,短的基因过多,势必会影响长度基因的比例,以及长的基因的表达丰度。
我们的文库产品,插入片段平均长度会在1200bp以上,短的会在1000bp左右。对于文库筛选,不是说只要有基因的一个片段就可以了,蛋白质的功能需要多种因素的参与,如果插入基因过短,筛选到的结果只是一个基因片段,甚至是靠近polyA的一小段基因,这个结果的可行度在哪里?基本都可以认为是假阳性的结果的。
对于有些公司宣称的,文库的基因插入片段不是越长越好,其实是对客户的极其不负责任和不合理的忽悠,只是因为自己没有技术做到更长的片段长度,而找的理由。
9.5. Mating和共转两种筛库方法哪种好?
共转和maiting两种方法,结果是一样的,只是一个文库质粒转到酵母细胞的方法,对于后续的文库筛选没有区别的,可以根据老师的实验习惯,自由选择的。
9.6 公司文库构建和筛选经验有多久?
本公司从事各类文库构建和筛选长达10多年,特别是酵母文库,是国内一直完全自己做文库构建和筛选的公司。不像有的公司宣称有10多年文库构建经验,实际上真实情况是其invitrogen系统的文库构建经验只有2-3年,2-3年前其所有的invitrogen系统文库都是外包给某公司做的,只是个二道贩子而已,由于自己一直做不好,才不得不一直外包。文库构建和筛选,经验很重要,长的经验积累,可以保证产品质量和稳定性,一次成功率等。
十、客户文章示例
核系统酵母双杂交 |
年份 | 单位 | 物种 | 期刊 | IF | 文章标题 |
2022 | 中科院遗传发育研究所 | 玉米 | Nature Communications | 14.92 | A pair of non-Mendelian genes at the Ga2 locus confer unilateral cross-incompatibility in maize |
2022 | The State University of New Jersey | 拟南芥 | Nature Communications | 14.92 | Connected function of PRAF/RLD and GNOM in membrane trafficking controls intrinsic cell polarity in plants |
2022 | 中科院遗传发育研究所 | 水稻 | Nature Communications | 14.92 | A natural allele of OsMS1 responds to temperature changes and confers thermosensitive genic male sterility |
2011 | 中科院遗传发育研究所 | 水稻 | The Plant Cell | 11.28 | Increased Leaf Angle1, a Raf-Like MAPKKK That Interacts with a Nuclear Protein Family, Regulates Mechanical Tissue Formation in the Lamina Joint of Rice |
2020 | 北京农林大学 | 大麦 | Journal of Experimental Botany | 6.99 | Emerging crosstalk between two signaling pathways coordinates K+ and Na+ homeostasis in the halophyte Hordeum brevisubulatum |
2018 | 中国热带科学院 | 橡胶树 | Journal of Experimental Botany | 6.99 | Jasmonate signalling in the regulation of rubber biosynthesis in laticifer cells of rubber tree, Hevea brasiliensis |
2022 | 南京林业大学 | 马尾松 | International Journal of Molecular Sciences | 5.92 | Characterization and Interaction Analysis of the Secondary Cell Wall Synthesis-Related Transcription Factor PmMYB7 in Pinus massoniana Lamb. |
2021 | 河南农业大学 | 棉铃虫 | jbc research article | 5.15 | The vital hormone 20-hydroxyecdysone controls ATP production by upregulating binding of trehalase 1 with ATP synthase subunit α in Helicoverpa armigera |
2015 | 北京农林大学 | 大麦 | PLOS ONE | 3.24 | Identification and Expression Analysis of a Novel HbCIPK2-Interacting Ferredoxin from Halophyte H. brevisubulatum |
2020 | 河南农业大学 | 水稻 | Plant Molecular Biology | 4.07 | The basic helix‑loop‑helix transcription factor OsBLR1 regulates leaf angle in rice via brassinosteroid signalling |
2019 | 江苏省农科院 | 小麦 | Scientific Reports | 5.21 | Yeast two-hybrid screening for proteins that interact with PFT in wheat |
2020 | 首都师范大 | 拟南芥 | Plant Science | 4.73 | The C-terminal extension of Arabidopsis Uev1A/B with putative prenylation site plays critical roles in protein interaction, subcellular distribution and membrane association |
|
核系统酵母单杂交 |
年份 | 单位 | 物种 | 期刊 | IF | 文章标题 |
2020 | 中科院遗传发育研究所 | 玉米 | Molecular Plant | 13.16 | Activation of Mitochondrial orf355 Gene Expression by a Nuclear-Encoded DREB Transcription Factor Causes Cytoplasmic Male Sterility in Maize |
2019 | 东北林业大学 | 杨树 | Genome Research | 9.04 | A novel synthetic-genetic-array–based yeast one-hybrid system for high discovery rate and short processing time |
|
膜系统酵母双杂交 |
年份 | 单位 | 物种 | 期刊 | IF | 文章标题 |
2016 | 上海交通大学 | 细胞 | scientific reports | 5.13 | Development of a membrane-anchored ligand and receptor yeast two-hybrid system for ligand-receptor interaction identification |
2020 | 锦州医科大学 | 虫子 | Virus Research | 3.27 | Identification of a novel host protein interacting with the structural protein VP2 of deformed wing virus by yeast two-hybrid screening |